Wie auf dem Screensshot ersichtlich: Das eine ist von F-Droid, das andere von den Entwicklern selbst. Wenn die App reproduzierbar gebaut wurde, installierst Du halt initial von F-Droid – und bekommst die Updates immer von da, wo sie zuerst verfügbar werden.

Dann baut @apps nicht reproduzierbar – und Du entscheidest Dich bei Erstinstallation, von wo her Du später Deine Updates bekommst. Und sorry, ich weiß nicht bei jeder App, ob und wo da in solchen Fällen (funktionelle) Unterschiede bestehen.